Die Handlung spielt im Graal System, welches 3 Planeten umfasst. Jeder Planet hat seine eigene Kultur, die von den Rassen geformt wird, die ihn bewohnen.

Die Geschichte des Graal Systems ist voll von Konflikten zwischen den verschiedenen Rassen. Dies führte zur Geburt der Alliierten Armee und schliesslich zum Frieden für das Graal System.

Zu dieser Zeit wurde das 100jaehrige Jubiläum der Allianz gefeiert. Der Hauptcharakter, Ethan, und seine Schwester Lumia genossen beide die Zeremonie, die die Raumflotte kennzeichnete-den Stolz der Alliierten Armee. Jedoch wurde die Flotte ein Schiff nach dem anderen durch einen Meteoritenschauer zerstört. Sogar die Landschaft wurde in Flammen gesetzt. In Wahrheit war es jedoch kein Meteoritenschauer, der die Zerstörung verursachte. Stattdessen war es eine ausserirdische Lebensform, die später als "Seed" bekannt wurde, deren Ziel es war, das Graal System zu seiner Vernichtung zu führen. Invasionen erschienen nach der Landung der "Seed" und bald bedeckte Finsternis das Land.

Selbst die Guardian-Kolonie verfiel in Panik, als sie plötzlich von der unbekannten Lebensform attackiert wurden. Mitten in dem Chaos blieb Lumia in den Trümmern zurück, als die Guardians einer nach dem anderen fielen. Um seine Schwester zu retten, leiht sich Ethan die Stärke der Guardians und bricht auf zu seiner ersten "Leben oder Tod"-Mission.