Über die Story ist noch nicht sehr viel bekannt. In einer Welt, in der ein Großteil der Oberfläche von Wasser bedeckt ist existiert die Macht Sin, die sich in verschiedenen Naturkatastrophen zeigt. Die Menschen empfinden diese Macht natürlich als störend und bekämpfen sie. In diesen Kampf verwickelt werden der Blitzballspieler Tidus und Yuna, die die Fähigkeit hat, Shin zu beschwören verwickelt. Auf der Suche nach dem Phänomen Sin bereisen sie zusammen mit einigen anderen Charakteren die ganze Welt. Ob sich zwischen Tidus und Yuna eine Liebesgeschichte entwickelt lässt sich noch nicht wirklich sagen, in Anbetracht der bisherigen Teile kann man es aber annehmen.