• NCBI, Genbank, Entrez
  • Blast
    - http://www.ncbi.nlm.nih.gov
    - Uebersetzen DNA--> Protein
    - blastx: uebersetzt und alignt automatisch
  • Genbank
    - Genbank: Zugriff auf Nukleotidsequencen
    - enthaelt: kurze Sequenzbeschreibung, wissenschaftliche Namen und Organismustaxa, bibliografische Referenzen
  • Entrez
    - enthaelt: Genomdaten, Sequenzen, zu bestimmten Genen
• Ensembl
  - vollstaendige Gensets (hauptsaechlich Mammalia)
  - genomweite Bestimmung der Transkripte, regulatorischer Merkmale, non-coding RNAs, . . .
  - Beziehungen zwischen Genen und Genomen darstellbar
• Prosite
  - Datenbank fuer: Protein Domaenen, Protein Familien, Protein Funktionen, Profile und Patternsuche in Proteinfragmenten
• Expasy
  - Tools zur Sequenzanalye und zur Proteomik zur Verfuegung gestellt
  z.B. BLAST, ScanProsite, SWISS-MODEL, GlycanMass, FindMod
• UniProt
  - Informationen zu: Proteinstruktur, Proteinfunktion, Querverweise zu anderen themenrelevanten Datenbanken
• PDB
  - enthaelt Proteindaten:
  3D-Koordinaten, Ligandenchemie, Sequenzen, Informationen über die Experimente (genutzte Methode zur Ermittlung der Daten)
  - Tools: Ramachandran Plot, RasMol, Jmol, WebMol
• Brenda Enzymdatenbank
  -Daten zu Enzymen
  - Erklaerung der EC Nummern
  - Sequence Suche, Genome Explorer, Substructure Search (Protein anhand chem. Struktur des Liganden finden)
• KEGG
  - enthaelt Strukturen von Biomolekülen, Genen, Stoffwechselwegen, Reaktionsgleichungen und Medikamenten
  - PATHWAY-Mapping: Abbilden von Genomen auf vorgegebene Netzwerke
  - BRITE-Mapping: Einordnen biologischer Objekte in funktionelle Hierarchien
• BioCyc
  - Sammlung von (momentan) 507 Organismus-spezifischen Datenbanken
  - Ecocyc: Literaturbasierte Sammlung zum E. coli Genom
  - MetaCyc: Sammlung von Stoffwechselwegen & deren Enzyme
  - PathwayTools
• Handouts auf Common