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Die erste Episode zeigt den mysteriösen Selbstmord eines Mädchens namens Chisa Yomoda. Einige ihrer Klassenkameradinnen bekommen E-Mails von der Verstorbenen und auch Lain Iwakura entdeckt eine. Sie bittet schließlich ihren Vater darum, ihr einen neuen Computer, die als "Navi" bezeichnet werden, anzuschaffen. Da er sich schon immer wünschte, dass sich Lain mehr mit Navis beschäftigt, tut er es mit Selbstverständlichkeit. In der Mail erklärt Chisa Lain, dass sie lediglich ihren Körper verlassen habe und versichert ihr, dass sie immernoch lebt, und zwar da, wo Gott sich befindet.
Im Laufe der Geschichte erfährt die 14-jährige, eigentlich zurückhaltende und sich immer mehr verändernde Lain, dass sie 2 Persönlichkeiten hat.