Schon lange Zeit lebt Link glücklich im Kokiri-Wald, beschützt vom großen und weisen Deku-Baum. Doch der Friede währt nicht lange. Ganondorf ist zurückgekehrt und zerstört den Deku-Baum. Jetzt können nur noch die drei Feenperlen helfen, um Ganondorf einhalt zu gebieten. Findet sie und bringt den Frieden zurück nach Hyrule.
Hier das normale Spiel und die Deluxe-Version mit komplett neuen und verbesserten Dungeons spielen! Neuer stundenlanger Spielspaß ist garantiert!

Link muss wieder einmal ein Abenteuer bestreiten, er wird von der großen Fee zu sich gerufen um den dunklen Lord Ganondorf zu besiegen. Er muss die 5 Siegel in den 5 Dungeons finden um das Masterschwert zu erhalten.

Ganondorf ist zurück, doch hat er es diesmal nicht auf Hyrule, sondern dessen Nachbarland Halitia abgesehen. Von Ganondorf in eine Falle geschickt und all seiner Kräfte beraubt, erwacht Link in Halitia. Damit startet ein Abenteuer, das Link nicht alleine bewältigen kann. Doch zum Glück ist diesmal auch Prinzessin Zelda zur Stelle, die ihn auf Schritt und Tritt unterstürzt. - Dies zeichnet sich insbesondere in den Rätseln der Spielwelt aus, wo es immer mal wieder Orte gibt die nur von Link oder von Zelda betreten werden können. Zu diesem Zwecke hat man oftmals die Möglichkeit zwischen den beiden Charakteren hin- und herzuwechseln. Gerade in den Dungeons ist das nützlich, da sich die beiden hier immer wieder gegenseitig unterstützen müssen.
In der neuen Version wurden zahlreiche Bugs beseitigt.