Die Welt wird von Konzernen beherrscht. Allen voran der große Shin-Ra Konzern, der mit eiserner Hand regiert. Sein neuestes Produkt: die sogenannt Mako-Energie, eine scheinbar unerschöpfliche neue Energiequelle ohne Abfallstoffe. Doch bald muß man erkennen, daß man mit Mako die Lebensenergie des Planeten selbst entzieht. Eine neue Gruppe namens Avalanche formiert sich um etwas zu unternehmen und die Kraftwerke zu sabotieren. Ihr neuestes Zugang ist Cloud ein Ex-Mitglied von SOLDIER, der Eliteeinheit des Shin-Ra Konzern. Gemeinsam bekämpfen sie das Unternehmen. Doch plötzlich ändert sich alles als eine mysteriöse Gestalt namens Sephiroth auftaucht und den Präsidenten ermordet. Cloud weiß anscheinend hinter was Sephiroth her ist: einem fremden Organismus mit dem Code-Namen Jenova. Mit Ihr will Sephiroth das Gelobte Land finden welches immer wieder in Legenden erwähnt wird und Cloud weiß dies das Schlimmste wäre was passieren könnte. Weder Shin-Ra noch Sephiroth dürfen jemals das Land finden oder alles wäre aus. Cloud macht sich mit den Anderen auf die Suche nach Sephiroth.