Es ist bereits 20 Jahre her seit dem der Krieg zwischen den beiden Reichen Galbadia und Esthar endete. Galbadia das Land im Westen, geführt von einem skrupellosem Präsidenten. Esthar das Land im Osten. Das modernste Reich der Welt, geführt von Adell, einer machthungrigen Zauberin. Zauberinnen, auch Hexen genannt, sind mysteriöse Personen mit magischen Kräften. Man sagt sie hätten ihre Kräfte von Hyne selbst, dem Gott der die Menschheit schuf. Adell war kurz vor ihrem Triumph als sie plötzlich verschwand, und mit ihr ganz Esthar. Seit dieser Zeit hatte keiner mehr etwas von Esthar gehört und Galbadia ist zu einer ernsthaften Bedrohung geworden. Squall Leonhard, einem Kadett in SeeD, einer freien Militärtruppe aus Balamb Garden, interressiert das nichts. Er steht kurz vor seiner Aufnahme in den SeeD-Rank und nur noch ein praktisches SeeD-Examen trennt ihn von diesem Ziel. Doch alles ändert sich als plötzlich eine neue Hexe namens Edea in den Reihen Galbadias auftaucht, die scheinbar eine merkwürdige Verbindung zu SeeD und dem Garden hat. Ist diese Hexe die Wiedergeburt von Adell? Ist sie die eigentliche Bedrohung oder existiert eventuell noch eine größere Macht hinter ihr? Eine Macht aus einem anderen Ort, einer anderen Zeit. Einer Bedrohung aus der Zukunft...